朱载坖认为，不仅要重惩这些涉案官吏，追缴赃物赃款，更重要的是要建立一套完整的仓储管理系统，就仓储管理而言，两宋的制度是最为完备的，朱载坖认为，取法于两宋，在大明建立起完备的仓储管理制度，不仅是朝廷的银库、军储、军需、军械军器等仓库，更加重要的是要对于应急备荒的仓库建设。
大明的荒政一向很烂，一旦发生大的灾荒，朝廷除了减免赋税、拨银赈济之外基本上没有任何办法，但是其实灾区最需要的是大量的粮食、药品等物，同时需要朝廷组织灾民恢复生产自救，这些都是朝廷和地方官府需要做的，但是由于大明地方缺乏仓储，导致荒政无法推行，朱载坖要借由重建仓储体统，重振大明的荒政。
朱载坖要求内阁与吏部、户部、都察院等商量出一个完整的仓储系统，从地方到朝廷中枢，以备边应急为仓储建立的主要目的。
当初，此次仓储发生的弊案也是朱载坖要严惩的地方，朱载坖命令都察院、户部详细计算各仓的损失，严厉征缴赃物，同时将大批倒卖朝廷物资的奸商予以抄没，除了主犯正法之外，举家流放缅甸、哈密和辽东，充实当地的人口，加强朝廷对于这些地方的控制。
在陆绎和冯保的指挥下，厂卫在京师抓捕案犯，抄没家产，不管是锦衣校尉还是东厂番子，都发了一笔横财，对于这些事情，朱载坖当然是心知肚明的，但是朱载坖很清楚，要给这些人一点甜头，否则的话厂卫怎么是天子鹰犬呢？
对于厂卫做大，朱载坖到没有这个担心，现在的厂卫已经不是嘉靖年间那么和谐了，冯保想要重振东厂的声望，陆绎也要重振锦衣亲军在陆炳时的威风，东厂和锦衣亲军像两只斗鸡一样，这几天朱载坖就收到了不少东厂密报锦衣校尉在抄家过程中私吞财产的事情，陆绎也向朱载坖奏报东厂买放嫌犯的事情，朱载坖没有让他们来处理，而是命令领侍卫内大臣严绍庭督率亲军诸卫将这些嫌犯抓获，同时对一些私吞案犯财产数额大的锦衣亲军军官，由亲军拿捕，直接送卫尉寺严办。
朱载坖的行为很清楚，就是告诉冯保和陆绎，除了厂卫之外，朱载坖还有其他的眼睛盯着他们呢，朱载坖命令严绍庭提督五城兵马司，也确实由这个意思，五城兵马司是大明在南北两京设立的专司负责治安的机构，五城兵马司的职能是：巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事。凡京城内外，各画境而分领之，境内有游民、 奸民，则逮治。若车驾亲郊，则率夫里供事。
看起来五城兵马司干的活都是一些杂活，说实话，五城兵马司在京师各衙门中的地位也确实是不高，不是是都察院的巡城御史、顺天府这样的该管衙门，还有厂卫、兵部这样的实权衙门，反正都能指使一下五城兵马司，但是正是因为五城兵马司在底层，使得他们的耳目颇为灵动，不管是京师地面上的大事小情，还是各种消息，五城兵马司打探的速度并不比厂卫慢。
朱载坖所以将五城兵马司划归严绍庭指挥，同时将京营、亲军诸卫中的退伍老卒安排补充进五城兵马司里面，加强五城兵马司的战斗力，还拨给五城兵马司一些军中不用的火铳，对京师地面加以侦查，加强对于京师的控制。
朱载坖交给严绍庭的任务就是详细侦查京师的各种情况，尤其通过五城兵马司这些城狐社鼠，打探还有哪些漏网之鱼，还有他们倒卖物资的路径什么的，这些可都是朝廷的物资，他们不可能大张旗鼓的去转运这些物资，而且这些物资不同于银两，他们需要将这些物资运走，卖掉之后变现。
这不是一两个奸商就能够办成的事情，甚至不是京师的奸商能够办成的事情，肯定是内外勾结，上下游分工的一个销赃网络，朱载坖就是要查清楚，看看是哪些人胆子这么大，连朱载坖兜里的钱都敢动。
同时朱载坖下令给陆绎和冯保，各级涉案官员可以检举，检举一经查实，减罪一等，诬陷株连，朱载坖要借此机会，狠狠的收拾这帮官吏们，让他们一袋米多扛几楼，感受一下什么他妈的叫做洪武遗风。
在锦衣亲军的耐心劝说和政策攻心之下，这些官吏们纷纷交代和他们同流合污的官员，不仅有户部管库官员，他们甚至上下打点，连钞关也买通了，御史更是被他们拉下水，还有顺天府、太仆寺等各个衙门的官吏，均有涉及到此案的官员，朱载坖对此的态度是很明确的，查实就诏狱大酒店有请。
除此之外，严绍庭呈递上来的奏报和陆绎侦查的结果也基本上是吻合的，除了太仓的官银被盗窃、调换之外，大量朝廷的物资被盗，通过各级官员和这些奸商的运作，大量的物资从京师各个仓库被运往了山西，下一步的去处就不言自明了。
朱载坖得报之后，当即将太子朱翊釴叫回来，同时将神机营调入京师，府军前卫、旗手卫和羽林左卫、羽林右卫调入宫禁，加强防备，同时发内帑赏赐入卫亲军，命令鸿胪寺赏赐宿卫军士酒肉，羽林左卫和羽林右卫视朱载坖招募的九边殉国烈士遗孤组成的，也是朱载坖最信任的两卫亲军，朱载坖突然将太子召回，并且加强宫禁，显然使得很多臣子都嗅到了不一样的空气。
严绍庭和陆绎的奏报，不得不使得朱载坖重视起来，大量的物资从京师去了山西，然后到了何处去，朱载坖不用想也知道，难道这么多的布匹、丝绸，都是卖给了山西人吗？山西又不是人人都是财主，仅仅是布匹丝绸，倒还不可怕，可怕的是出了布匹丝绸呢？还有没有其他的东西？尤其是朝廷的禁榷的物资。